Einer der Gründe für die Existenz von AQUANET besteht in der Kooperation und der gemeinsamen Umsetzung von Projekten mit mehreren Netzwerkmitgliedern.

Insbesondere kleine und mittelständische Unternehmen sind regelmäßig benachteiligt, wenn es um die Umsetzung größerer Projekte geht. Angefangen bei den finanziellen Aspekten bis hin zur Vorhaltung von personellen und materiellen Ressourcen über Monate, ja manchmal Jahre, sind Konzerne im Vorteil. Um diesen Nachteil in der insbesondere in Brandenburg und Berlin eher klein bis mittelständisch strukturierten Wirtschaftslandschaft auszugleichen, möchte AQUANET dafür sorgen, dass die regionalen Anbieter sich im Zusammenschluss auch für größere Ausschreibungen bewerben können. Ein Vorzeigebeispiel ist sicher die im Projekt entstandene Kooperation zur wasserwirtschaftlichen Konzeption der Nachnutzung des Flughafens Tegel.